重庆南开中学每年都招收艺体特长生，并每年都向全国各著名高校输送艺术和体育方面的高水平人才。2001年清华大学，天津大学“艺术教育生源基地”分别在重庆南开中学正式挂牌成立。

　　重庆南开中学是全国首批经国家教育委员会验收批准的体育后备人才试点学校。2009年被清华大学授权为“体育特长生生源培养基地”。据介绍，基地建立后，清华大学将不定期地选派高水平体育教练到重庆南开中学进行清华大学运动队训练模式的指导，南开中学的中学生运动员在寒暑假期间也可赴清华大学进行专业培训。清华大学体育部有关负责人透露，在符合清华大学考核的基本标准前提下，在招生考试中将优先考虑南开中学的优秀中学生运动员。目前，该基地主要进行田径和女子篮球两个项目的运动员培养。

光荣榜

办公楼由建校时的图书馆改造而成。

　　重庆南开中学除开办有艺术社团，体育社团这些外，每年还会举办学生艺术活动月，科技创新周，话剧节日，学生自编操比赛，学生自画衫展示；以及羽毛球社，街舞社，文学社，英语社团，漫画社团等。现在学生对外联络部门也在重庆南开中学成立。

　　每年都开办只有大学才开设的选修课，其课程达几十种，这在全国中学中也是极其少有的。每周重庆南开都会邀请著名专家学者中科院士校友及著名大学校长莅临南开讲坛。20世纪80年代开始，南开中学就率先以课程设置改革为突破口，探索学校内涵发展、特色建设的新途径。目前学校已经建立起了有南开特色的必修课－选修课－自修课和学科课程－活动课程－隐性课程有机结合、相互补充的课程体系。如今，南开中学每学期开设了包括陶艺制作、跆拳道、天文观测、剪纸、刺绣等在内的30余门选修课。特色活动课程“南开讲坛”邀请了中科大校长朱清时、香港理工大学校长潘宗光，以及北大、清华、人大、南京大学等著名高校的院士、教授、学者前来演讲，每周一讲，已逾百讲，并正式出版了《南开大讲堂》一书。中国著名编剧、词作家，重庆南开中学1949级校友阎肃在2010年被受聘为重庆南开艺术教育顾问。