东北育才学校初中部每年级16个教学班，共有48个教学班，学生2300人。每个年级有3种班型，即特长班4个、三年制常态超常实验班6个、六年一贯制初高中连读实验班6个。

　　特长班是利用“能力迁移”理论所进行的一种特殊教育。通过强化基本学科教学，培养全面发展的优异人才，使他们在中学阶段在各科全面打好基础的前提下，在某一基本学科方面形成一种特殊优势，在基本学科强化教学过程中，学生的综合素质得到全面的发展和特殊的提高。特长班中有两个数学特长班、一个英语特长班、一个日语特长班。数学特长班一般在初中阶段就可以学完初高中六年数学课程，并开设综合数学课，加深加宽中学阶段数学知识。英语班在初中阶段即可在全部结束中学英语课程后，开始学习大学英语课程。日语班除和其他班同样开设英语课程以外，加开一门日语课程，高中毕业时可达到日语一级水平。英语班和日语班都加开外教课，强化听说能力。

　　三年制常态实验班和六年一贯制初高中连读实验班，是根据“人的大脑存在着巨大的智慧潜力，关键在于后天开发”“在常规条件下，一个人只利用了自己大脑指挥潜力的10‰”的有关理论，抓住少年儿童发展的最佳时期，创造特殊的教育条件，充分开发大脑的智慧潜力，培养塑造良好的非智力因素，使其得到超越常态的发展，成为优秀人才和优异人才。六年一贯制初高中连读实验班，把初、高中六年中学教育贯穿起来，统筹安排，将使课程计划更合理、更科学，减少了初中升高中复习考试这一环节，可以节省半年时间，将有更多的时间用以培养学生能力、开发智力、提高综合素质。

　　特长班和三年制常态超常实验班在初三上学期末进行一次分流，其中一部分直升东北育才学校高中，另外一部分和其它学校初中毕业生一样参加全国统一中考。

　　东北育才学校初中部在社会上享有极高的声誉，一直是全市小学毕业生所向往的学校，学生的学习，生动活泼、积极主动，打下了坚实的基础。爱好特长得到充分的发挥，学生生活丰富多彩，德智体美全面发展。初中部教学成绩全市最好，在大多数学生留校直升的情况下，部分参加中考的学生，中考成绩与同类学校相比，历来遥遥领先。每年都向沈阳市首批录取的高中，输送大量优秀毕业生，几乎所有毕业生都能考取重点高中。