公办学校，由政府财政拨款，一般来说，公办学校的数量和办学规模都远超私立学校，学习费用相对较低。公办学校的性价比是择校考虑因素之一，但公办学校又因为生源大多是学区直升，部分学校避谈重点班设置，造成家长对公办学校的犹豫。

　　学区公办学校实验班作为择校保底，是普遍的择校观点。

　　公办学校“免试就近入学”招生原则、“不得以各种名义开设重点班”指导意见之外，近几年备受关注的是，市招办要求公办学校择校生比例降至10%。

　　招生方式：学区直升、自主招生。

　　热门公办学校——
　　南京外国语学校、二十九中、五十中、金陵汇文、科利华中学、一中、三初、新城中学、南外河西、中华中学、南师附中仙林分校等。

　　民办学校，是国家机构以外的社会组织或者个人，利用非国家财政性经费，面向社会依法举办的学校。由于依靠学费和投资者的投入运作，学费要高于公办学校。

　　民办学校因自主招生名额较多，实验班或重点班的设置比较自由，部分家长对学区内公办校的硬件条件、生源情况等不是很满意，故意会选择进入民办学校。

　　招生方式：电脑派位（摇号）、自主招生。

　　热门民办初中——
　　树人国际学校（2013年进入下关区即将成为公办）、育英外国语学校、玄武外国语学校、郑和外国语学校、金陵河西分校、秦淮外国语学校、民办实验学校（一中分校）、南外仙林分校、育英第二外国语学校、南师江宁分校等。

　　拓展了解：灰色地带：特殊的“假民办”

　　真正意义上的民办学校应该由纯民间资本投资建成，并且校舍、财务、管理等方面独立。但，如果使用公办教育资源办学按民办教育收费的学校，就属于“假民办”。
　　据了解，金陵中学河西分校用地由河西新城区建设指挥部提供，南师附中江宁分校的地皮由江宁开发区提供，都是国家的公有资源，而且两所学校贷款都以公办本部的名义进行，本部和分部有着分不开的联系。相对来说，南外仙林分校的民办成分多一些，该校属于股份制学校，有一些私营资金注入，但南外本部也有股份在内，所以还是公私不分。另外，南京树人国际学校作为南师附中的民办初中，其用地也是原来南师附中的地皮。
　　名校办民办初中，曾在南京盛极一时。出现这一现象，主要源于教育部的一个规定：创国家级示范高中必须要求是独立高中。中学进行初高中分离，丢下来的初中便改成民办校。
　　从2005年起，南京市教育局开始对不符合“三独立”要求的民办初中进行清理规范，一部分还原为公办初中，一部分直接停办。
　　2013年，树人国际学校将进入下关区，成为公办学校，南京名校民办校清理问题终于有了实质性的一步。