1990年，原南联邦六个共和国举行大选。除塞尔维亚、黑山共和国仍由原执政党（由原共盟改称的社会党）执政外，斯洛文尼亚和克罗地亚等四国共盟均丧失政权，政局动荡导致民族主义势力抬头，使原来就存在的民族矛盾空前尖锐，内战危机日益加深。

　　大选结束后，斯洛文尼亚新政权即宣布：驻扎斯境的原南联邦防御部队不再服从联邦军统一指挥，并加紧从外国运进武器，武装本地民防和警察部队。克罗地亚也随后宣布：将在南联邦驻克地方部队基础上组建克“独立的武装力量”。接着，塞尔维亚科索沃自治省阿尔巴尼亚族也按“一户一枪”原则，用走私武器组织民间武装10万人。与此同时，居住在克境内的塞族人也武装起来。

　　鉴于局势危急，南联邦主席团于1991年1月发布命令，要求各地“非法准军事武装部队”立即解散并交出武器。但该命令被斯、克两族武装拒绝。南联邦军随即进入戒备状态，准备以武力执行联邦决定。斯、克两族则外锋相对，积极备战，全国局势骤然紧张。在内战一触即发的危急时刻，经联邦总理马尔科维奇（克族）多方斡旋，迫在眉睫的大规模流血冲突得以暂时避免，但“非法武装”问题仍未解决。

　　1991年1月，克当局突然收缴克境内塞族警察武器，遭塞族人拒绝，双方发生流血冲突。克境内居住约60万塞族居民，占克全部人口12％，聚居地约占克全境1／4。在克新政权一再声称要退出南联邦“独立”的背景下，克境塞族担心二战时期克族极端组织残杀塞族人的暴行重演，遂宣布成立“克拉伊纳塞尔维亚自治区”，脱离克罗地亚，成为塞尔维亚和南联邦的组成部分。此举得到塞尔维亚支持，但克罗地亚坚决反对。随后，双方武装为争夺对两族混居区的控制权爆发大规模武装冲突，冲突逐步升级。为制止冲突，南联邦军（主要将领及大部分士兵为塞族）奉命进行干预。

　　6月25日，克罗地亚和斯洛文尼亚宣布独立。南联邦主席团立即做出反应，宣布斯、克两国“独立”为非法和无效。同时命令驻扎在斯、克两国境内军营中的联邦军，执行保卫边界过境通道和居民点安全的军事行动。斯、克两国武装对联邦军兵营实行封锁、阻碍，袭击执行任务的联邦军。6月27日，南联邦军出动2000名士兵，110辆坦克执行联邦政府命令，遭到斯警察部队和武装人员强烈抵抗，斯方武装用导弹击落南联邦军直升飞机和15辆坦克，造成100多人伤亡。7月2日，当联邦军根据双方达成的协议，将部队撤回营区时，斯方武装又企图扣押联邦军坦克、装甲车等重装备，双方再次发生武装冲突，联邦军动用空军轰炸机为部队解围。后来，在联邦主席团和国际有关各方调解下，斯同意解除对联邦军营封锁，联邦军全部撤出斯境。

　　由于以塞族人为主的联邦军逐步卷入克、塞两族武装冲突，克指责联邦军偏袒塞族武装。在克族武装多次袭击联邦军后，联邦军开始直接与克族武装交火。联邦军介入南内战，使原在联邦军中服役的一万多名克族士兵和军官“投诚”，转入克武装。为与联邦军和塞族武装抗衡，克当局从西方国家大量进口武器和招募雇佣军，在原来不足5万人的警察和民防部队基础上，建成了一支拥有20万人，配有坦克、装甲车、多管火箭炮、导弹和飞机的正规军队。

　　以塞尔维亚族为主的南联邦最初坚决反对改变现行的联邦制，但随着克、斯两国“独立”的既成事实，以及周边国家和国际组织态度的改变，南联邦中塞族领导的立场已有所变化，但仍坚持“所有塞尔维亚人有权生活在一个塞尔维亚国度里”的大塞尔维亚主义。强调克虽可独立，但不得把克境内60万塞族人和他们的聚居地带走。为支援塞族武装保卫克境内塞族居住区，联邦军渐由过去提供武器、人员支持发展为介入交战。从7月份开始，由于联邦军公开参战，克、塞两国接壤全线和部分两族混居区爆发激烈战斗。为封锁克海上交通，切断其武器进口，联邦海军出动军舰封锁克海岸，炮轰克港口城市杜布罗夫尼克。在克、塞中部接壤的奥库查尼和帕克拉茨及亚得里亚海沿岸地区双双均发生大规模武装冲突。9与10两月，为争夺武科瓦尔，联邦军和塞族武装投入大量兵力，对固守该地的克族武装实施围攻，经联合国和有关各方调解达成的多次停火协议均遭破坏。

　　11月7日，在近三个月围攻后，联邦军攻占战略重镇武科瓦尔，使克、塞东部边界的数个塞族聚居点连成一片。11月22日，联邦军开始围攻克东部克塞两族共居的奥西耶克镇。在克沿海地区，双方武装冲突规模也在升级，塞族武装如果控制了该地区，就可截断横贯克境主要公路，腰斩克濒海地区，为塞争得一个重要出海口。

　　经过近一年军事较量，战场总的局势对克不利。塞族武装在联邦军支持下，已经控制克境1／3的国土面积。由于战争主要在克境进行，克族生命财产损失惨重，被迫在国际调停下停火。

　　就基本军事力量对比看，尽管克接受大量西方军援，塞族武装和南联邦军在兵员数量、装备、训练和作战能力方面仍优于克方。但由于受一些共和国抵制，联邦军在兵员、油料和武器供应方面亦存在许多困难，加上国内外各种政治势力的压力，联邦军行动受到很大牵制。1991年底，南联邦军一改以往坚决拒绝国际武装介入的立场，主动要求联合国派遣“维持和平部队”进驻双方实际控制线之间监督停火。

　　进入1992年以来，塞族武装在基本达到作战目的（不但保住了克境内塞族聚居地区，面积还有所扩大）后，呈守势巩固既得阵地。克族在损兵失地之后，短时间内无力发动大规模反攻。三月份以来，波黑局势进一步恶化。南联邦军与得到克罗地亚支持的波黑穆斯林武装为争夺对首府萨拉热窝的控制权展开激战。英美宣布对南实行“制裁”并投入空中力量向萨市运送人道主义援助。可以预料，由于南各族在历史、现实政治和意识形态等方面的差异，南内战在短时期内不会彻底解决。目前，各派时打时停，加紧增兵备战，以便在有利时机打击对方，或在未来的政治谈判中居于主动地位。

　　南内战冲突至1993年，已造成3.5万人死亡，直接经济损失200亿美元，形成300万难民，引起了世界舆论的广泛关注。